Управление в муниципальном бюджетном общеобразовательном учреждении «Гимназия № 45» осуществляется в соответствие с Федеральным законом от 29 декабря 2012 г. N 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", на основании Устава, на принципах демократичности, открытости, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности.
Компетенция Учредителя в области управления Учреждением определяется Федеральным законом от 29 декабря 2012 г. N 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", муниципальными нормативными правовыми актами.
Непосредственное руководство Учреждением осуществляет прошедший соответствующую аттестацию директор, назначенный Учредителем с последующим заключением трудового договора, в котором определяются права и обязанности директора и его ответственность перед Учредителем. Трудовой договор заключается на срок до двух лет.
Согласно Уставу в муниципальном бюджетном общеобразовательном учреждении «Гимназия № 45» действуют органы коллективно-общественного управления.